虽然有天命和民意的支持，刘秀称帝仍然给他带来不小的舆论压力——毕竟他曾是刘玄更始政权的“萧王”，如今自立为帝，不管怎么说，也是一种背叛。
幸运的是，刘秀至少不用亲手去解决刘玄这个老东家。提到刘玄，樊崇的赤眉军比他着急，早已杀奔关中去了。面对这样的形势，刘秀思忖更始、赤眉之间必有硬仗，何不趁其两败俱伤的情况下，趁乱夺取关中的控制权？这也正是他派出邓禹西进函谷关背后的战略设想。
然而，这一战略实施得并不顺利。邓禹在成功杀入河东郡后，在安邑这个地方遭到了刘玄军队的顽强抵抗，浪费了几个月的时间。等到邓禹终于平定河东地界的时候，赤眉已经在关中占据了先机。
关中之争
樊崇所率的赤眉军是当时最大的一支农民武装力量。当年在大战新莽军队时，为了区分敌我，樊崇要求本方士兵将眉毛涂红以做区别，此后便以“赤眉”为号。
刘玄曾经有过很好的机会招降这支赤眉军的，却被他白白浪费了。
赤眉军与拥立刘玄政权的绿林军齐名，但由于本身起源于青徐一带（今天的山东、江苏），常年在华东地区活动，被后起的绿林军率先抢占了长安地区并建立了政权。当时，樊崇等赤眉军主要将领曾考虑过归附刘玄，特地跑到洛阳去向刘玄表达自己愿意归顺的态度。但鼠目寸光的刘玄并不把樊崇等人看在眼里，颇为敷衍地给他们一行二十多人封了列侯，也不给国邑，弄得樊崇等人好生尴尬，左思右想之下，觉得光得个列侯的名号毫无意义，最后还是返回本方大营割据一方。
同有江山半壁、带甲百万，如今仅凭占据了关中，就想以几个空头衔的代价诏安了对头，在任何一个朝代都是不可能的事情。这就好比哪天马云对马化腾说，把腾讯并到阿里巴巴旗下，给你个副总裁做做，但没有股份。马化腾会乐意？
刘玄一伙人的小农作派在仅仅两年之后就结出了苦涩的果实：赤眉西进入关，杀到了刘玄的家门口。而且，这次赤眉也从刘玄那里学了一手，自己也立了一个刘汉宗室后裔刘盆子为天子，建立了“建世政权”。
看到赤眉兵锋日盛，更始群臣开会讨论应对赤眉之策，大家都愁容满面，无计可出。之前曾拔剑力主拥立刘玄的张卬再次挺身而出，提出一个想法。他说，好汉不吃眼前亏，不如干脆把长安洗劫一空，带着金银财宝，大伙回南阳再做打算！
马上有人问，万一人家追杀到南阳呢？
张卬毫不犹豫地说，那就重操老本行，回去落草为寇！
强盗逻辑，跃然纸上。在首都这样的“首善之区”待了两年，都无法改掉强盗本性，让人无话可说。但更让人吃惊的还在后面，这一建议居然得到了很多大臣的赞同。于是，张卬拉上这一群大臣，谒见刘玄，想要征得他的同意。
刘玄听闻这样一个提议的时候，内心绝对是崩溃的。哪有做了天子又再度落草为寇的道理？他虽未破口大骂，但以极端愤怒的神情拒绝了这一提议。见到龙颜大怒，群臣只得闭上嘴巴，乖乖退下。
张卬虽然曾是拥立刘玄的生力军，但从来也不把这个“天子”放在眼里，只是把他看成一个傀儡。如今见自己提出的靠谱建议居然被傀儡拒绝，自然心里不服，恼怒之下，就想来硬的，与几个大臣合谋要劫持刘玄。
然而，这一计划却预先被刘玄所知晓。双方尔虞我诈地过了几招，最终还是兵戎相见了。刘玄一度被赶出了长安城，幸得另一波将领的帮助，又击退了张卬等人，重新获得长安的控制权。而内斗失败的张卬等人干脆带着自己的残兵败将主动投降了赤眉军。
美国总统林肯曾经说过：“家不和，则不立。”（Ahousedividedagainstitselfcannotstand.）大敌当前，自己还要搞内讧，这样的政权不垮，那可是真的没有天理了。
面对赤眉军的强大实力，刘玄的军队本来就处于下风，如今又因内讧、叛逃损失了一大半的军力，就更不是赤眉的对手了。于是，赤眉几乎没费什么力气就占领了长安。刘玄不得不在重返长安的当月再度逃离——这次更惨，单骑出逃。
留在长安城内的更始众臣，除了丞相曹竟抵抗至死外，悉数投降了赤眉。
长安城外意欲迎降赤眉的也大有人在。更始政权的右辅都尉严本，很清楚刘玄对于赤眉的重要性，就以护卫刘玄安全的名义，派了一队士兵过去，实际上却将他软禁起来，准备作为之后跟赤眉军讨价还价的筹码。
面对走投无路的刘玄，曾经一度臣服于其下的赤眉如今趾高气扬地放出话来：投降，给你个长沙王的封号，限期二十日，过时不候！刘玄自知大势已去，同意了这个条件。不想，赤眉方面却食言了，要杀死刘玄。幸而在刘恭——赤眉所立天子刘盆子的哥哥——等人的努力下，刘玄得以暂免一死。
但这个“暂时”并没延续很久。樊崇等人尚能容下刘玄，但张卬等叛将却始终将刘玄视为自己的威胁，最终在两个月后缢杀了他——当初主张立刘玄的是张卬，如今主张杀刘玄的也是张卬，乱世强盗的实用主义精神在此人身上被最大程度地发扬光大。
刘秀一直很